超级进化（又称百万进化）是超越了目前为止神奇宝贝可进化的界限，属于更上一层的进化。进行了超级进化的神奇宝贝会暂时释放隐藏的力量，发挥无法透过一般进化拥有的能力。然而并非所有的神奇宝贝都能超级进化，这种进化目前仅出现在特定的神奇宝贝身上。超级进化是一种暂时性的状态，不能永久保持。目前共有46只神奇宝贝可以进行超级进化。当然很可能是对于的mega进化石还没有被发现，隐藏在世界的不知名的角落里。
超级进化后的神奇宝贝，种族值之和会增加，属性、特性都可能会有所改变，战斗力直线上升。
小金独自一人按照藏宝图的指示来到了常磐森林的深处，这里开始不是有强大的神奇宝贝个体出没，就是成千上百的神奇宝贝群落，所以小金必须小心谨慎。
使用超能力避开了一只特别强大的尼多王后，小金松了一口气。刚才差点被这只很可能已经达到天王巅峰的尼多王发现了踪迹，看到那只3米高的颜色紫的发黑的尼多王就知道他的实力有多么强大，毒性有多么深，如果不小心被他的毒针攻击到，很可能会阴沟里翻船。
不过好在这里离大针蜂的mega进化石已经很久了，小金大概走了十几分钟，终于来到了藏宝图所示的地点附近。
不过看到那个位置，小金倒吸了一口冷气，数万只大针蜂在悬崖边飞进飞出，悬崖下是一个和悬崖差不多高的大蜂巢。还有几百只强壮的大针蜂工兵，拉开散兵线似的，成半月形护卫着它们巢穴的洞口。不会吧，这让小金如何是好？
可别小看大针蜂，单个大针蜂的实力并不强，但是按照这个蜂巢的实力，冠军来了都可能饮恨。大针蜂虽然很可怕，但是它可是勤劳的代言人哦。毛茸茸的身子上面有和老虎一样条纹，金子一样颜色的翅膀好像是上天给它的奖励。尾巴上带着一个尖尖的刀子，好像在时刻防御着敌人夺走自己辛勤的果实。不断挪动的触角仿佛在指挥着大家：大家快来看！那里有好多香香甜甜的蜂蜜呢，大家快去采集吧！
但是一旦谁要抢夺他们的劳动果实，他们可是会拼命的。
这里很可能就是当初坂木正雄遇到大针蜂王当初还是独角虫的地方，当初坂木来到这里竟敢捕捉王者级的独角虫，这胆量，小金不禁感到佩服。
小金观察了好久，经过对比，得知大针蜂的mega进化石应该就在蜂巢的底部，看来自己进去是不可能了。
那只有一个办法，派小金自己的大针蜂伪装进入蜂巢，盗取大针蜂的mega进化石。小金首先找到一只落单的大针蜂，击败他后取得他身上的信息素，涂在自己的大针蜂上，这样就能轻易接近并且进入蜂巢。
小金自己通过和沙奈朵的超能力融合，进入大针蜂的精神世界指挥大针蜂的行动。
小金的大针蜂来到蜂巢，满园的大针蜂，让小金的大针蜂深深地陶醉于之中。小金的大针蜂来到大针蜂的宝殿，一只全身穿着金黄亮丽衣衫的大大针蜂，那就是蜂窝，成为了小大针蜂们的家。进入宝殿，小金的大针蜂看到一只最为美丽的大针蜂坐在宫殿的椅子上，头上的皇冠金光闪闪的发着光，身穿一身艳丽而独特的衣裳，谁不知道这就是大针蜂国的女皇呢？身边宫女如在保护着女皇，无时无刻的呆在女皇的身边。宝殿里极其热闹，有许多大针蜂在表演给女皇看，逗得大针蜂女皇都合不拢嘴。
避开重重守卫，小金的大针蜂终于来到蜂巢的底部，这里放置着许多放光的石头，大概是大针蜂找来的宝物装饰品。
经过一番寻找，小金的大针蜂终于找到了那个大针蜂的mega进化石，有着黑黄交界的波纹的圆珠。小金让大针蜂藏在自己的尾巴里，这样气息就可以暂时屏蔽，能够比较安全的离开大针蜂的蜂巢。
突然从门口来一只强壮的大针蜂守卫，小金马上让大针蜂伪装。守卫大针蜂看到眼前这只大针蜂显得有些笨拙，好像刚睡醒似的，晕头转向的。一会儿向东，一会儿向西。忽然又一头扎向宝物堆，笨拙地摔倒在地上。然后大针蜂假装发现了守卫的存在，那个宝库里似乎有守卫在了，这样冒昧闯入，守卫自然是很不高兴，小金的大针蜂急忙飞出来，然后用前肢搭耸搭耸后脑勺，好像才恍悟过来，连声道歉。
好在守卫大针蜂以为这只大针蜂食用太多的蜂蜜酒，不小心才闯到这个地方，也就警告一番，就放小金的大针蜂离开。
刚刚小金可吓了一跳，要是被发现，小金的大针蜂可走不了。小金马上命令撤退。
等到了大针蜂安全的离开蜂巢，回到小金身边，小金心中的大石头才放了下来。小金决定马上离开这个地方，这里实在太危险了，不能久留。
离开过程中，小金还遇上了破土王者，一大群地鼠和三地鼠。明明眼前刚刚还有一座山，一大群地鼠和三地鼠经过后直接变成了平地，你能够想象大群的神奇宝贝完全可以改变地理地貌。
过了大概一个多小时，小金还不时使用瞬移赶路，避开一些霸主级的神奇宝贝，终于回到了常磐市，心中不禁松了一口气。这次的行动还算顺利，需要的大针蜂的mega进化石到手了。
回到了常磐道馆附近的神奇宝贝中心，接上了小翠，准备回真新镇。虽然不久之后，就是超梦逃脱的日子，但是小金并不准备亲自出手，还是在暗地里控制，反正就在火箭队三人组暂代道馆训练家的时候，这样既可以避免危险，还可以掌控事情的发展状况。
就这样，小金和小翠离开了常磐市，回到真新镇，来到了大木博士的家，小金暂时居住在这里。