收到火箭队三人组完成任务的报告后，魁首给他们发了一个消息，他们已经升级为火箭队的精英成员，离干部梦想只有一步之遥，需要继续努力。然后，这段时间没有其他任务，让他们自由活动，但是收到魁首激励的火箭队三人组，准备追上了小智一行人，打算继续执行捕捉皮卡丘的大业，把皮卡丘送给坂木老大。这样就可以尽快成为火箭队飞干部。
而离开大傻谷的小金一行五人，穿过了附近的城市，达到了城市周边的郊区，就在这里稍微休息一下。
这两天的途中，小智的皮卡丘因为被苹果噎住，因为离宝可梦中心太远而来到杜医生的诊所。在小霞的请求下，杜医生治好了皮卡丘。接着因为交通意外造成了附近的神奇宝贝中心要治疗大量受伤的神奇宝贝，以至于一时间忙不过来。但期初杜医生因为休假的缘故不想帮忙，在乔伊的请求下，杜医生和小智一行人开始为神奇宝贝做诊疗。
虽然杜医生是为人类治病的医生，但是他还是在小智一行人的配合下治好了包括火箭队的神奇宝贝在内的所有受伤的神奇宝贝。最后，火箭队想要抢走医院里的神奇宝贝。这时，杜医生展现出了高超的技艺，可以熟练的用手术刀作为武器和火箭队战斗，最终把火箭队赶走了。
第二天，小金一行人来到了某个村落路口，发现了小次郎的寻人启事并被带到了小次郎的家。但真相却是小次郎的父母设计将小次郎骗回家并要求与鲁美嘉结婚。不过小次郎的卡蒂狗将小次郎救出，小次郎道出离家出走的真相。
鲁美嘉从小就想把小次郎教导成一名绅士，对小次郎一直保持高压的交往，但小次郎厌恶上层社会的生活，于是鲁美嘉、小次郎的管家及父母策划想让小次郎回家并和她结婚，管家说小次郎说他的父母已经去世了。他们在此期间，故意忽视在一旁说话的武藏和喵喵，之后她再次欺骗小次郎，和她同去查看财产。
在火箭队进入房间后，她暴露出自己的真面目——疯狂地用鞭子抽打小次郎，并派出霸王花麻痹小次郎和其附近隐蔽的小金一行人，在小金一行人、武藏和喵喵被赶出别墅后，小次郎的卡蒂狗将小次郎解救。它和小智的皮卡丘战胜鲁美嘉后，小次郎重新回到了火箭队。
小霞听小刚说起这里附近有大葱鸭出没，感到很好奇，所以打算捕捉一只，于是就到附近逛了起来。小刚和小智去河边取水，小金和小翠则留守着暂时的营地，防止背包等物品被野生神奇宝贝不小心偷走。
很幸运，小霞没过多久就发现了大葱鸭踪迹。在落单的小霞面前，一只罕见的神奇宝贝，大葱鸭出现了。她以为这是野生的大葱鸭，并打算捕捉。小霞想要在小智和小刚来前收服它，于是开始追逐大葱鸭。大葱鸭灵活地避开精灵球，在丛林中追着追着，小霞被大葱鸭引到了森林中和圭太相撞，起来后大葱鸭也不见了踪迹。小霞和小金一行人汇合才发现包已经被调换。
于是大家也顾不上吃午饭，准备简单收拾一下，分头寻找，追上那个换包的少年，找回小霞丢失的神奇宝贝。
之后，圭太假意将大葱鸭送给火箭队，并将火箭队骗到河中，偷到了火箭队的神奇宝贝。
就在圭太露出胜利的笑容时，小金从天而降，拦住想要逃走的圭太。但是圭太冥顽不灵，完全不想交出偷取的神奇宝贝，所以小金准备给圭太一个教训，叫出了大针蜂活动活动手脚。
这时圭太的大葱鸭站了出来，拦住了小金的大针蜂。
“大针蜂，使用高速移动，然后使用致命针刺先把大葱鸭干掉。”大葱鸭的等级毕竟比大针蜂弱上一个大境界，仅仅是普通巅峰的实力，很快被小金的大针蜂一个虫系大招，直接干趴在地上。
之后，圭太看到大葱鸭的失败想要逃走，于是小金又让大针蜂对圭太发动攻击，让他尝尝被大针蜂蛰的感觉。
大针蜂的快速攻击，让圭太避无可避，被大针蜂的毒针蛰地满头是包。这时君莎小姐和因为擅自跑出精灵球的可达鸭带路的众人也找来这里，看到被大针蜂攻击的圭太，于是想要阻止了小金大针蜂继续攻击。看到这里，小金挥了挥手，大针蜂来到小金身边。
听了君莎小姐的介绍，大家才知道圭太以和他的大葱鸭一起偷窃他人的神奇宝贝为生。他让大葱鸭吸引训练家的注意力，自己想办法趁机偷取对方背包的精灵球。据君莎所说，小霞是圭太的第五位受害者。君莎一直在搜寻圭太，但是一直没有找到。
最初圭太在路边救了一只受伤的大葱鸭，在照顾好后，大葱鸭就跟在圭太身边。圭太一直觉得自己和大葱鸭太弱小，只有做坏事能让他们生存下去。圭太让稀有的大葱鸭来吸引其他训练家的注意，从而实施盗窃。
君莎和小智决定教圭太如何对战以让他知道大葱鸭的实力。因为圭太表示他一直认为大葱鸭很弱小，于是小智要求和圭太对战，并派出了妙蛙种子。出乎圭太的预料，大葱鸭凭借速度优势打败了妙蛙种子。但之后因为大葱鸭击打可达鸭的头部，被可达鸭的念力打败。
最终，君莎表示被偷的训练家只要神奇宝贝找回就不追究圭太，所以圭太并没有被关押，或者得到其他的惩罚（主要还是未成年人，还是有些优待）。战斗结束后，圭太决心痛改前非，并带著大葱鸭开始了修行之旅，成为真正的神奇宝贝训练家。
夕阳西下，小金一行人目送圭太还有大葱鸭的离去，并且期待未来会在里面大赛中再次相遇。那是圭太会成为一个令人敬佩的神奇宝贝训练家，和小金他们来一场大家都不留遗憾的神奇宝贝对决。